Да, должен.

Минимальный предельный срок владения для квартир полученных в дар от близких родственников - 3 года. Он не прошел. Соответственно, нужно заплатить налог.

Налогооблагаемая база будет равна: стоимости продажи минус налоговый вычет (1 млн. руб), при условии, что сумма продажи будет не меньше 70% от кадастровой стоимости.

Обязательно будет с суммы превышающей 1 млн. рублей в договоре купли продажи. При условии что сумма в ДКП будет не менее 70% кадастровой стоимости...

Добрый день!
Если сформулировать вопрос несколько иначе, например, так:
Будет ли облагаться налогом доход, полученный сыном от продажи квартиры?
Ответ однозначный: "Да, будет!"
И, как уже отметили, необходимо в установленный срок (не позднее 30 апреля 2020) подать налоговую декларацию 3-НДФЛ.
Надо ли будет по правильно составленной декларации платить налог и в каком размере, это уже совсем другой вопрос.
Для ответа на него пока не достаточно информации.

Добрый день. Без вариантов, налог будет. 13% от цифры в договоре превышающей 1 м.р., а если цена в договоре меньше 70% от кадастровой стоимости квартиры (КС), то тогда 13% от КС*0,7)-1 м.р.

Здравствуйте. По всей видимости Вы рассчитываете использовать вычет, в размере понесённых и документально подтверждённых расходов дарителя, связанных с приобретением указанного объекта недвижимости (половина стоимости квартиры). В этом есть некоторая логика, но я уверен, что это не сработает. Хотя бы потому, что в 1998 году была деноминация. Для окончательного прояснения ситуации можно направить запрос в Минфин. Получите официальный ответ. Время есть. Попробуйте.