Здравствуйте. На сегодняшний день такие доработки никак не сказываются на ликвидности квартиры. Что будет к тому времени, когда Вы решите продать квартиру - сказать сложно. Если контроль в этом направлении ужесточат, то Вы достаточно быстро об этом узнаете и приведёте всё в первоначальный вид, а пока можно смело обустраивать жильё под свои нужны и в соответствии со здравым смыслом.

никто и внимания не обратит..

в советском типовом панельном домостроении козырьки над балконами на последних этажах были не предусмотрены в принципе. это прекрасно можно увидеть, посмотрев на фото советских времен со сдачи домов, например, или постановочные кадры с новоселами.
при этом в лужковские времена балконы официально стеклили при капремонте фасадов, в том числе и на последних этажах (что, как вы понимаете, нереально без наличия козырька). поэтому не удивлюсь если подавляющее большинство оценщиков скорее всего просто не в курсе того что это является перепланировкой )) да и вообще они обычно смотрят в первую очередь внутри самой квартиры, балкон идет по остаточному принципу: есть, и ладно.
"Как я понимаю, у многих квартир, построенных в СССР, козырек не согласован. Удается ли в целом на рынке продавать такие квартиры ипотечным покупателям?" - не слышал ни одного раза, чтобы на этом основании было отказано

При современном уровне перепланировок, на козырек никто внимания,боюсь,не обратит.